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- análise das ligações do ligante à estrutura de proteína
- AutoDock é um representante único dos programas que tratam a simulação da
atracagem indo de ligantes químicos bem pequenos até receptores grandes
de proteínas. Versões anteriores tinham toda a flexibilidade nos ligantes
enquanto a proteína era mantida rígida. Esta última versão 4 também
permite flexibilidade de cadeias laterais selecionadas dos resíduos
de superfície, i.e., leva os "rotamers" em consideração.
O programa AutoDock realiza a atracagem do ligante a um conjunto de
grades descrevendo a proteína alvo. O AutoGrid pré-calcula estas grades.
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- Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen
- AutoDock ist ein erstklassiger Vertreter von Programmen zur Simulation
einer Bindung relativ kleiner Liganden an verhältnismäßig große
Rezeptor-Proteine. In vorhergehenden Versionen waren die Liganden sehr
flexibel, während das Protein dagegen sehr starr behandelt wurde. Die
aktuelle Version 4 erweitert die Flexibilität auf ausgewählte Seitenketten
an der Oberfläche des Proteins, berücksichtigt also auch Rotamere.
AutoDock vollzieht die Bindung des Liganden an einer Auswahl von Gittern,
die das Zielprotein beschreiben. AutoGrid berechnet diese Gitter vorab.
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