Zusammenfassung
Imaging
Debian Med: Bildbearbeitungspakete
Dieses Metapaket installiert Debianpakete, die für die medizinische
Bildverarbeitung nützlich sein können.
Es installiert verschiedene Pakete, die den de-facto Standard für
medizinische Bildverwaltung DICOM (Digital Imaging and Communications in
Medicine ) unterstützen. Der Standard definiert Datenstrukturen und
Dienste für den Austausch medizinischer Bilder und zugehöriger
Information. Die letzte Veröffentlichung ist von 2004. Sie besteht aus 18
Teilen.
Weitere Informationen verschafft Ihnen der Besuch der NEMA-Webseite
http://medical.nema.org/. Oder Sie laden sich den aktuellen DICOM-Standard
als PDF-Dateien von http://www.dclunie.com/dicom-status/status.html
herunter.
Die Liste auf der rechten Seite enthält verschiedene Softwareprojekte, die für das Debian Med Projekt von Interesse sind. Derzeit sind nur einige von diesen als Debianpakete verfügbar. Zielsetzung ist es jedoch, all die Software für Debian Med zu paketieren, um einen qualitativ hochwertiges Debian Pure Blend (interne Anpassung von Debian an spezielle Bedürfnisse) zu erstellen.
Um einen besseren Überblick über die Verfügbarkeit der Projekte als Debian Paket zu geben, hat jede Kopfzeile einen Farbcode entsprechend diesem Schema:
Wenn Sie ein Projekt entdecken, das ein guter Kandidat für Debian Med zu sein scheint, oder wenn Sie ein inoffizielles Debianpaket erstellt haben, zögern Sie bitte nicht eine Beschreibung des Projekts an die Debian Med Mailingliste zu schicken.
Links zu Aufgaben
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Debian Med Imaging packages
Offizielle Debianpakete
Aeskulap
medical image viewer and DICOM network client
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Version: 0.2.2b1
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Beschreibung übersetzen
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Aeskulap is able to load a series of special images stored in the DICOM
format for review. Additionally it is able to query and fetch DICOM
images from archive nodes (also called PACS) over the network. Aeskulap
tries to achieve a full open source replacement for commercially
available DICOM viewers.
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Amide
Software für medizinische Bildverarbeitung
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Version: 0.9.1
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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AMIDE (Amide's a Medical Image Data Examiner - Amide ist ein Untersucher
medizinischer Bilddaten) ist ein Werkzeug zur Anzeige und Analyse von
medizinischen Bilddatensätzen. Seine Fähigkeiten umfassen die simultane
Behandlung von mehreren, aus einer Vielzahl von Dateiformaten
importierten, Datensätzen, Bildzusammenführungen, dreidimensionales
Zeichnen von Interessensregionen und deren Analyse, Volumenberechnung und
Ausrichtung an starren Körpern.
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Ctn
Central Test Node, eine DICOM-Implementierung für medizinische Bildverarbeitung
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Version: 3.0.6
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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DICOM ist der Standard für die Speicherung, Kommentierung und den
Austausch von Bildern. Es wird sehr oft für medizinische Bildverarbeitung
benutzt. Die »Central Test Node«-Software (CTN) liefert eine
Implementierung dieses Standards.
Dieses Paket enthält das Binärprogramm und Laufzeit-Konfigurationsdateien
für CTN.
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Ctsim
Simulator für berechnete Tomografie
Homepage nicht verfügbar
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Version: 4.5.5
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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CTSim enthält einen interaktiven Simulator für berechnete Tomografien.
Berechnete Tomografie ist die Technik, das Innere eines Objektes, durch
Messung der Absorption der Röntgenstrahlung durch das Objekt, zu
schätzen.
Es enthält sowohl Befehlszeilenprogramme als auch eine grafische
Benutzeroberfläche. CTSim besitzt sehr lehrreiche Modi zum Betrachten der
Datensammelsimulation als auch für die Rekonstruktion.
Webseite: http://www.ctsim.org/
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Dcmtk
Die Befehlszeilen-Dienstprogramme der OFFIS-DICOM-Werkzeugsammlung
Homepage nicht verfügbar
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Version: 3.5.4
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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DCMTK enthält eine Sammlung von Bibliotheken und Anwendungen zum
Überprüfen, Konstruieren und Umwandeln von DICOM-Bilddateien, Handhaben von
Offline-Medien, Senden und Empfangen von Bildern über
eine Netzwerkverbindung, sowie für demonstrative Bildspeicher- und
Worklist-Server.
Dieses Paket enthält die DCMTK-Dienstprogramme.
Anmerkung: Diese Version wurde mit libssl-Unterstützung kompiliert.
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Dicomnifti
wandelt Dateien im DICOM-Format in das NIfTI-Format um
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Version: 2.28.11
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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dinifti wandelt im DICOM-Format gespeicherte MRI-Bilder in das NIfTI-Format
um. Das NIfTI-Format ist angedacht, als das neue Standardformat für die
medizinische Bildgebung. Es kann z.B. für FSL, AFNI, SPM, Caret und
Freesurfer benutzt werden.
dinifti wandelt einzelne Dateien um. Es wird aber auch ein Batchmodus für
die Umwandlung ganzer DICOM-Verzeichnisse unterstützt. Umgewandelte
NIfTI-Dateien können entsprechend den Bildserien-Informationen aus den
DICOM-Dateien benannt werden.
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Fsl
analysis tools for FMRI, MRI and DTI brain imaging
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Version: 4.1.1
Lizenz: non-free
Debianpaket in non-free
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FSL is a comprehensive library of image analysis and statistical tools
for FMRI, MRI and DTI brain imaging data.
FSL provides an easy to use GUI.
FSL interoperates well with other brain imaging related software. This includes
Caret, FreeSurfer (cortical flattening and modelling).
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Fslview
Betrachter für (f)MRI und DTI-Daten
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Version: 3.0.2+4.1.0
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Dieses Paket stellt einen Betrachter für 3d- und 4d-MRI-Daten und
DTI-Bilder bereit. FSLView ist zudem in der Lage ANALYZE- und
NIFTI-Dateien darzustellen. Der Betrachter unterstützt mehrere
2d-Betrachtungsmodi (orthogonal, lightbox oder einzelne Slices) ebenso
wie das Rendern von 3d-Rauminhalten. Zusätzlich kann FSLView Zeitreihen
darstellen und metrische und stereotaxische Atlas-Daten übereinander
legen.
FSLView ist ein Teil von FSL.
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Gwyddion
Visualisierung and Analyse der Rastersondenmikroskopie
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Version: 2.10
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Gwyddion ist ein modular aufgebautes Programm zur Visualisierung und
Analyse von Daten der Rastersondenmikroskopie. Es ist vor allem zur Analyse
von Höhenfelddaten gedacht, welche durch Mikroskopietechniken wie
Rasterkraftmikroskopie (Atomic Force Microscopy - AFM),
Magnetkraftmikroskopie (Magnetic Force Microscopy - MFM),
Rastertunnelmikroskopie (Scanning Tunneling Microscopy - STM),
Optische Rasternahfeldmikroskopie (Near-field Scanning Optical Microscopy -
SNOM oder NSOM)
oder andere erhalten wurden. Es kann jedoch zur Analyse beliebiger
Höhenfeld- und Bilddaten genutzt werden.
Dieses Paket enthält die Hauptanwendung und ihre Module.
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Imagej
Image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh
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Version: 1.41n
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Beschreibung übersetzen
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It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and
32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG,
BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that
share a single window.
It can calculate area and pixel value statistics of user-defined
selections. It can measure distances and angles. It can create density
histograms and line profile plots. It supports standard image processing
functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge
detection and median filtering.
Spatial calibration is available to provide real world dimensional
measurements in units such as millimeters. Density or gray scale
calibration is also available.
ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the
Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda,
Maryland, USA.
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Libvolpack1
Schnelle Volume-Rendering-Bibliothek
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Version: 1.0b3
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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VolPack ist eine Software-Bibliothek für schnelles, hochqualitatives
Volume-Rendering mit folgenden Merkmalen:
* Rendert Datensamples von einem regulären, dreidimensionalen Grid.
* Benutzerspezifische Übergangsfunktionen sowohl für Transparenz, als auch
für Farbe.
* Shading-Modell mit gerichteten Lichtquellen, verschiedenen
Materialtypen mit unterschiedlichen Reflexionseigenschaften,
Tiefenunschärfe (depth-cueing) und Schatten.
* Ergebnisse in Farbe (24 Bit pro Pixel) oder Graustufen (8 Bit pro
Pixel), mit oder ohne Alphakanal.
* Beliebige affine Ansichtstransformationen.
* Flexibles Datenformat, das es erlaubt, eine
beliebige C Structure mit einem Voxel zu verbinden.
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Medcon
Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM, ECAT, ...)
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Version: 0.10.4
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Der Name dieses Projektes leitet sich ab aus »Medical Image Conversion«
(Umwandlung von Bildern in der Medizin). Es wurde unter der (L)GPL
veröffentlich, kommt mit dem kompletten C-Quellcode der Bibliothek, einem
flexiblen Kommandozeilenwerkzeug und einer ansprechenden graphischen
Oberfläche unter Nutzung von GTK+. Aktuell unterstützte Formate sind:
Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 und PNG.
Das Programm erlaubt es außerdem, nicht unterstützte Dateien ohne
Kompression zu lesen, die Pixelwerte auszugeben oder angegebene
Bilder zu extrahieren/neu zu ordnen. Es ist möglich, rohe
Binär-/ASCII-Bildfelder auszulesen oder PNG für Desktopanwendungen
zu schreiben.
Dieses ist das Befehlszeilenwerkzeug für die Stapelverarbeitung.
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Minc-tools
MNI - Werkzeuge für das medizinische Bildformat
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Version: 2.0.16
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Dieses Paket enthält Programme zur Manipulation von MINC-Dateien.
Das Minc-Dateiformat ist ein sehr flexibles medizinisches
Bild-Dateiformat, das auf dem generalisierten NetCDF-Datenformat aufbaut.
Das Format ist einfach, selbstbeschreibend, erweiterbar, portabel und
N-dimensional, mit Programmierschnittstellen sowohl für Datenzugriff auf
niederer Ebene als auch zur Volume-Manipulation auf hoher Ebene. Auf diesen
Bibliotheken aufbauend gibt es eine Sammlung von allgemeinen
Bilddatei-Verarbeitungsprogrammen. Das Format, die Bibliotheken und
Programme sind zur Verwendung in einer Forschungsumgebung für
medizinische Bildverarbeitung gedacht; sie sind einfach und mächtig und
versuchen
nicht, gegenüber dem Benutzer eine nette Oberfläche zu bieten.
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Nifti-bin
Mit der NIfTI-Bibliothek gelieferte Hilfsprogramme
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Version: 1.1.0
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Niftilib ist eine Sammlung von Ein- und Ausgabebibliotheken zum Lesen und
Schreiben von Dateien im NIfTI-1-Datenformat. NIfTI-1 ist ein binäres
Dateiformat zum Speichern von medizinischen Bilddaten wie
Magnetresonanzbildern (MRI) und funktionalen
Magnetresonanztomographiebildern (fMRI) des Gehirns.
Dieses Paket enthält die Hilfsprogramme, die mit der Bibliothek
mitgeliefert werden (nifti_tool, nifti_stats und nifti1_test).
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Python-mvpa
multivariate pattern analysis with Python
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Version: 0.4.0
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Beschreibung übersetzen
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Python module to ease pattern classification analyses of large
datasets. It provides high-level abstraction of typical processing
steps (e.g. data preparation, classification, feature selection,
generalization testing), a number of implementations of some popular
algorithms (e.g. kNN, Ridge Regressions, Sparse Multinomial Logistic
Regression), and bindings to external machine learning libraries (libsvm,
shogun).
While it is not limited to neuroimaging data (e.g. fMRI, or EEG) it
is eminently suited for such datasets.
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Python-nifti
Python-Schnittstelle für die NIfTI-I/O-Bibliotheken
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Version: 0.20081017.1
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Mit Hilfe von PyNIfTI können NIfTI- und ANALYZE-Bilder leicht in Python
ausgelesen werden. Die NiftiImage-Klasse stellt Python-artigen Zugriff auf
die vollen Headerinformationen bereit. Die Bilddaten werden über
NumPy-Felder bereitgestellt.
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Sofa-apps
GUI for the Simulation Open Framework Architecture (SOFA)
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Version: 1.0~beta3
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Beschreibung übersetzen
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SOFA is an Open Source framework primarily targeted at
real-time simulation, with an emphasis on medical simulation.
It is mostly intended for the research community to help
develop newer algorithms, but can also be used as an efficient
prototyping tool.
This package contains the SOFA main application.
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Xmedcon
Konvertierungswerkzeug für medizinische Bilder (DICOM, ECAT, ...)
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Version: 0.10.4
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Der Name dieses Projektes leitet sich ab aus »Medical Image Conversion«
(Umwandlung von Bildern in der Medizin). Es wurde unter der (L)GPL
veröffentlich, kommt mit dem kompletten C-Quellcode der Bibliothek, des
flexiblen Kommandozeilenwerkzeuges und einem ansprechenden grafischen
Frontend unter Nutzung von GTK+. Aktuell unterstützte Formate sind:
Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 und PNG.
Das Programm erlaubt es außerdem, nicht unterstützte Dateien ohne
Kompression zu lesen, die Pixelwerte auszugeben oder angegebene
Bilder zu extrahieren/neu zu ordnen. Es ist möglich, rohe
Binär-/ASCII-Bildfelder auszulesen oder PNG für Desktopanwendungen
zu schreiben.
Dieses Paket enthält die GUI-Version für X, basierend auf GTK+. Hiermit
kann stets nur eine Datei zur Zeit bearbeitet werden.
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Offizielle Debianpakete (Vorgeschlagen)
Imagemagick
Programme zur Bild-Manipulation
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Version: 7:6.3.7.9.dfsg1
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Imagemagick ist ein Set von Programmen, die verschiedenste
Bildformate (JPEG, TIFF, PhotoCD, PBM, XPM usw.) bearbeiten können.
Die Bilder können entweder über Shellkommandos oder über ein
grafisches X11- Interface (Display) bearbeitet werden.
Mögliche Effekte: Bearbeiten der Farbpalette, Channel-Operationen,
Erstellen von Thumbnails, Bildanmerkungen, Limited Drawing,
Bildverformung usw.
Dieses Paket empfiehlt einen Postscript-Interpreter (gs) zum Lesen von
Postscript-Dateien. Es funktioniert aber auch ohne diesen einwandfrei
(solange Sie kein Postscript lesen möchten).
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Imview
Bildbetrachtungs- und Analyseanwendung
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Version: 1.1.9c
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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Imview ist eine Anwendung, die
* eine große Zahl von Bildformaten anzeigen kann.
* 2D- oder 3D-Bilder (als Querschnitte) mit guten Zoom- und
Pan-Eigenschaften anzeigen kann.
* mit multispektralen, Zeitfolge- oder Mehrseitendokumenten
(beispielsweise Satellitenbilder, TIFF-Stapel, animierte GIFs und
heterogene Mehrkomponentendateien) arbeitet.
* alle Arten von Pixeltypen anzeigt. (1- bis 64-Bit-Daten, Ganzzahl- oder
Fließkommaformat).
* frei wählbare, eindimensionale Profile von zweidimensionalen Bildern
anzeigen kann. (Alternativ 2D-Querschnitte von 3D-Bildern).
* Unterstützung für frei wählbare Farbpaletten für alle Pixeltypen
bietet (z.B. Fehlfarbanzeige).
* Standard-Bildbearbeitungswerkzeuge hat (Helligkeit/Kontrast, Gamma,
Zoom, Beschneidung, Rotation, usw.).
* via Sockets und Konsolenbefehlen ferngesteuert werden kann. (Dies
erleichtert die Integration in diverse Bildanalysesysteme.)
* Bilder via Sockets oder Shared Memory in Imview laden kann.
* noch vieles mehr bietet!
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Pngquant
Werkzeug zur Optimierung von PNG-Bildern (Portable Network Graphics)
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Version: 1.0
Lizenz: DFSG free
Offizielles Debianpaket
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Korrigiere Beschreibungsübersetzung
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pngquant ist ein Befehlszeilen-Konvertierungswerkzeug für Quantisierung
(Farbreduktion) und Dithering (Farbmischung) von Truecolor-PNG-Bildern,
insbesondere solchen mit einem vollständigen Alphakanal. Die Bilder werden
auf eine 8-bit (oder weniger) RGBA-Palette reduziert.
Solche Bilder sind gewöhnlich zwei- bis viermal kleiner als die volle
32-bit Version, und Teiltransparenz bleibt sehr gut erhalten. Dies macht
pngquant besonders nützlich für Webseiten und PlayStation
2-Entwicklungen, bei denen eines der Texturformate RGBA-Paletten-basiert
(wenn auch nicht PNG-komprimiert) ist.
Es handelt sich um die gleiche Technik, die für viele der Beispielbilder
auf der »Miscellaneous Transparent PNGs«-Website verwendet wurde
(http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html). Oft kann man keinen
Unterschied zu den ursprünglichen PNG-Bildern mit vollen Farbinformationen
feststellen.
Optimierer (wie pngcrush und optipng) optimieren die Kompression,
gewöhnlich verlustfrei, während pngquant Farben auf 256 (oder weniger)
unterschiedliche RGBA-Kombinationen herunterrechnet, was verlustbehaftet
ist.
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Experimentelle oder inoffizielle Debianpakete, Projekte mit Code zum Paketieren im SVN
Afni
- wnpp
environment for processing and displaying functional MRI data
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Lizenz: GPL
Inoffizielles Debianpaket
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AFNI is an environment for processing and displaying functional
MRI data. It provides a complete analysis toolchain, including
3D cortical surface models, and mapping of volumetric data (SUMA).
In addition to its own format AFNI understands the NIfTI format and is
therefore easily usable in combination with FSL and Freesurfer.
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Caret
- wnpp
Computerized Anatomical Reconstruction and Editing
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Lizenz: GPL
Inoffizielles Debianpaket
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This software allows for viewing and manipulating surface
reconstructions of the cerebral and cerebellar cortex, viewing
volumes and for displaying experimental data on the surfaces and
volumes.
Caret can download and use stereotaxic atlases (human, monkey, mouse
and rat) from an open online database.
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Gdcm
Grass Root DICOM
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Lizenz: BSD
Inoffizielles Debianpaket
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Grassroots DiCoM is a C++ library for dealing with DICOM medical files.
It is automatically wrapped to python (using swig). It supports RAW,JPEG,
J2K,JPEG lossless,RLE and deflate(zlib). It also comes with DICOM Part
3,6 & 7 of the standard as XML files.
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Lipsia
Analysis of MRI and fMRI data - binary
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Lizenz: GPL
Inoffizielles Debianpaket
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Leipzig Image Processing and Statistical Inference Algorithms
(LIPSIA)
The software package LIPSIA was developed by the Max Planck Institute
of Cognitive Neuroscience, Leipzig, for the data processing and
evaluation of functional magnetic resonance images. The analysis of
fMRI data comprises various aspects including filtering, spatial
transformation, statistical evaluation as well as segmentation and
visualization. All these aspects are covered by LIPSIA. For the
statistical evaluation, a number of well established and
peer-reviewed algorithms were implemented in LIPSIA that allow an
effcient and user-friendly processing of fMRI data sets. As the
amount of data that must be handled is enormous, an important aspect
in the development LIPSIA was the efficiency of the software
implementation. In LIPSIA, particular emphasis was placed on the
development of new visualization and segmentation techniques that
support visualizations of individual brain anatomy so that experts
can assess the exact location of activation patterns in individual
brains. LIPSIA is non- commercial. LIPSIA is freely available upon
request. However, as we don't have suffcient manpower, we can't
support an unlimited number of LIPSIA users. Therefore, we plan to
offer LIPSIA initially on lytoa limited number of cooperation
partners. Please contact us, if you are interested in becoming a
LIPSIA cooperation partner.
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Mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
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Lizenz: BSDish
Inoffizielles Debianpaket
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MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides
the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF)
field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:
* mni-n3 - provides 'nu_correct'
* libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms
Remark: Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors
http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=mni-n3
to Debian Med svn and start group maintenance.
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Opendicom.net
API to DICOM in C# for Mono
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Lizenz: LGPL
Inoffizielles Debianpaket
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The openDICOM.NET project implements a new approach towards DICOM
(Digital Imaging and Communications in Medicine) libraries. DICOM is
a worldwide standard in Medical IT and is provided by the National
Electrical Manufacturers Assocation (NEMA). This standard specifies
the way medical images and meta data like study or patient related
data is stored and communicated over different digital medias. Thus,
DICOM is a binary protocol and data format.
The openDICOM# Class Libary, main part of the openDICOM.NET project,
provides an API to DICOM in C# for Mono and the .NET Framework. It is
a completely new implementation of DICOM. In contrast to other
similar libraries the intention of this implementation is to provide
a clean classification with support of unidirectional DICOM data
streaming. Another implemented goal is the support of DICOM as
XML. This is not standard conform but very use- and powerful within
software development, storage and manipulation. Currently, full read
support of DICOM output stream and full write support to XML is
supposed to be provided. The entire DICOM content can be accessed as
sequence or as tree of class instances. Latter is the default
representation of DICOM content by the library.
The openDICOM.NET Utils are a collection of console tools for working
with the needed data dictionaries in different data formats (binary
and textual), query of ACR-NEMA (prior DICOM standard) and DICOM
files and transcoding them into image formats like JPEG and XML
files. These utils are written in C# for Mono and the .NET Framework
and are using the openDICOM# API for processing.
The openDICOM.NET Navigator recapitulates the openDICOM.NET Utils in
form of a GTK# GUI. It provides different views with focus on DICOM
data sets and visualization. Connectivity to GIMP is also given for
single image processing purpose as well as the possibility to run
through multi-frame images like a movie.
The openDICOM.NET Beagle Filter Plugin increases the usability of
ACR-NEMA and DICOM query within your desktop. It makes DICOM content
overall indexable for retrieval. The Beagle search engine relies on
Mono/.NET and works in the background of your system, but is able to
detect content changes in realtime (depending on your configuration).
All GUI applications focus the popular GNOME desktop, but are 100%
platform independent by relying on Mono.
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Debianpakete nicht verfügbar
Bioimagesuite
integrated image analysis software suite
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac
and abdominal image analysis and state of the art visualization.
Many packages are available that are highly extensible, and provide
functionality for image visualization and registration, surface
editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image
processing, mouse segmentation and registration, and much more. It
can be intergrated with other biomedical image processing software,
such as FSL and SPM. This site provides information, downloads,
documentation, and other resources for users of the software.
BioImage Suite was developed at Yale University and has been
extensively used at different labs at Yale since 2004.
There is a forum at BioImage Suite site for discussion of
compiling it from source and packaging issues at
http://research.yale.edu/bioimagesuite/forum/index.php?board=12.0
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Blox
medical imaging and visualization program
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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The purpose of the project is to develop a quantitative medical
imaging and visualization program for use on brain MR, DTI and MRS
data. It is a joint project of the Kennedy Krieger Institute and the
Johns Hopkins University, Psychiatric Neuroimaging Lab
(http://pni.med.jhu.edu/methods/morph.htm).
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Brainvisa
image processing factory for MR images
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Lizenz: Free? (CeCill License)
Debianpaket nicht verfügbar
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BrainVISA is a software, which embodies an image processing
factory. A simple control panel allows the user to trigger some
sequences of treatments on series of images. These treatments are
performed by calls to command lines provided by different
laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on
which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is
distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the
segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main
assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white
classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere
surface for visualization purpose, Spherical meshes of each
hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a
labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the
main sulci.
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Conquest-dicom-server
full featured DICOM server
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Lizenz: Public domain
Debianpaket nicht verfügbar
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A full featured DICOM server that has been developed based on and
heavily extending the public domain UCDMC DICOM code.
Some possible applications of the Conquest DICOM software are:
* DICOM training and testing
* Demonstration and research image archives
* Image format conversion from a scanner with DICOM network access
* DICOM image viewing and slide making
* DICOM image selection, (limited) editing, and splitting and merging of series
* Advanced automatic image forwarding and (de)compression
* DICOM caching and archive merging
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Dcm4che
collection of open source applications and utilities healthcare enterprise
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Lizenz: LGPL, MPL, Apache, other (also non-free)
Debianpaket nicht verfügbar
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At the core of the dcm4che project is a robust implementation of the
DICOM standard. The dcm4che-1.x DICOM toolkit is used in many production
applications across the world, while the current (2.x) version of the
toolkit has been re-architected for high performance and flexibility.
Also contained within the dcm4che project is dcm4chee (the extra 'e'
stands for 'enterprise'). dcm4chee is an Image Manager/Image Archive
(according to IHE). The application contains the DICOM, HL7 services
and interfaces that are required to provide storage, retrieval, and
workflow to a healthcare environment. dcm4chee is pre-packaged and
deployed within the JBoss application server. By taking advantage of
many JBoss features (JMS, EJB, Servlet Engine, etc.), and assuming the
role of several IHE actors for the sake of interoperability, the
application provides many robust and scalable services.
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Devide
Delft Visualization and Image processing Development Environment
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Lizenz: BSD
Debianpaket nicht verfügbar
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DeVIDE, or the Delft Visualization and Image processing Development
Environment, is a Python-based dataflow application builder that enables
the rapid prototyping of medical visualization and image processing
applications via visual programming. In other words, by visually connecting
functional blocks (think Yahoo pipes), you can create cool visualizations.
See the DeVIDE website at http://visualisation.tudelft.nl/Projects/DeVIDE
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Dicom3tools
handling offline files of DICOM 3 attributes
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Lizenz: BSD
Debianpaket nicht verfügbar
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Tools and libraries for handling offline files of DICOM 3 attributes,
and conversion of proprietary formats to DICOM 3. Can handle older
ACR/NEMA format data, and some proprietary versions of that such as
SPI.
It has extremely limited X display capability and no networking
code that is why this is not a complete DICOM implementation.
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Dicom4j
Java framework for Dicom
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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Java framework for Dicom
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Dicomscope
DICOMscope is a free DICOM viewer which can display uncompressed,
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Lizenz: Has to be clarified
Debianpaket nicht verfügbar
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monochrome DICOM images from all modalities and which supports
monitor calibration according to DICOM part 14 as well as
presentation states. DICOMscope offers a print client (DICOM Basic
Grayscale Print Management) which also implements the optional
Presentation LUT SOP Class. The development of this prototype was
commissioned by the "Committee for the Advancement of DICOM" and
demonstrated at the European Congress of Radiology ECR 1999. An
enhanced version was developed for the "DICOM Display Consistency
Demonstration" at RSNA InfoRAD 1999. The current release 3.5.1 has
been demonstrated at ECR 2001 and contains numerous extensions,
including a print server, support for encrypted DICOM communication,
digital signatures and structured reporting.
DICOMscope is not meant as a competition for commercial DICOM
viewers. The application is rather a feasibility study for DICOM
presentation states. The program is not appropriate to be used in a
clinical environment, e.g. for reporting.
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Drjekyll
interactive voxel editor for viewing and editing three-dimensional images
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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It is specifically aimed at postprocessing of segmented datasets,
but offers some functionality for raw data as well.
Voxel elements (=voxels) and pixel ("picture element") are viewed
as data sets and can be processed by this program as kind of
a final polishing process.
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Ecg2png
convert scanned electrocardiograms into PNG format
Homepage nicht verfügbar
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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This program is designed to convert scanned 12-lead
electrocardiograms into PNG format and a web-friendly image size. It
assumes that the electrocardiogram (ECG) is printed with a black line
on white paper with a red grid.
The problems this program is designed to solve are (1) an ECG scanned
at relatively high resolution (300 to 600 dots per inch) imposes a
substantial load on the web browser because it contains about 6
million pixels which may require 18 to 24 MB of RAM to store for
display. Also, (2) typical scanners convert a clean paper ECG into a
multitude of colors, include green and blue. The resulting file
cannot be compressed efficiently because it does not contain as much
redundancy, and thus takes more time to transmit over low-speed
network connections.
Remark: The homepage of this project that used to be at
http://www.cardiothink.com/downloads/ecg2png/ vanished but the source
can be downloaded fro instance from
http://www.freshports.org/graphics/ecg2png/ .
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Kradview
the free DICOM viewer for Linux
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Lizenz: GPLv3
Debianpaket nicht verfügbar
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Kradview is a GPLed viewer of images obtained for some different
sources: X-ray, NMR and DICOM-compatible imaging devices that runs on
free operating systems. Its aim is a easy to use DICOM viewer with
instant rendering of images, no matter the size and the zoom of the
DICOM image. It covers the "let's see the the X-ray image" need of
the medical professional.
Kradview as been developed in C and C++ using KDE libraries. The
parsing, rendering, and processing routines has been developed in C,
and the graphical interface has been developed in C++ and includes
the former routines with "extern C" for fast use.
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Libvista2
software environment for computer vision research
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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Vista is a software environment for computer vision research. It is
designed to support not only images, but also edge sets, camera models,
and more complex data structures. Vista includes libraries of common
computer vision and image processing algorithms. It is written in
ANSI C, for UNIX platforms running X Windows, and it is freely available.
The original development was done at University of British Columbia
(http://www.cs.ubc.ca/nest/lci/vista/vista.html).
Because the development was stalled by the original authors the
development continued in the "Tools for Medical Image Analysis"
framework (http://mia.sourceforge.net/) which is maintained by
Max Planck Institute of Cognitive Neuroscience
(http://www.cns.mpg.de/).
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Maris
package suite for Radiological Workflow
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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The MARiS Project goal is to realize a package suite for Radiological
Workflow using Open Source tools and technologies in according with
IHE guidelines. The architecture of the single packages is based on
the concept of IHE actor: this is very useful to develope a system
that is an ensamble of single pieces that cooperate together using
IHE profiles.
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Mesa-test-tools
IHE Test Software for Radiology
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Lizenz: free
Debianpaket nicht verfügbar
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The MESA software release which is available at
http://ihedoc.wustl.edu/mesasoftware/10.15.0/dist/ provides several
tools that might cover a wide range of applications for
Integrating the Healthcare Enterprise (IHE) testing.
Another important element of the IHE testing process is the set of
software tools HIMSS and RSNA have commissioned. Developed by the
Electronic Radiology Laboratory at the Mallinckrodt Institute of
Radiology, Washington University of St. Louis, the MESA tools are
designed for use by participating companies in implementing IHE
capabilities in their systems and preparing for the Connectathon. Their
purpose is to provide communication partners, test data and test plans
to allow organizations to provide a baseline level of testing as they
implement the IHE Technical Framework. These tools are made available to
participants during the period of an IHE demonstration year and are then
released into the public domain at the end of that cycle. The latest
version of the MESA Test Tools available in the public domain can be
found here.
This kind of software is definitively valuable for information systems
vendors and imaging systems vendors.
Because the CTN Debian package is based on an upstream dead project
these tools should have a high priority for packaging because the
CTN homepage http://erl.wustl.edu/research/dicom/ctn.html says:
"The CTN software is also embedded within the MESA tools. The version
of CTN software in those tools does not have a separate release number
but is more current than version 3.0.6."
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Opensourcepacs
medical image referral, archiving, routing and viewing system
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Lizenz: GPL
Debianpaket nicht verfügbar
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OpenSourcePACS is a free, open source image referral, archiving,
routing and viewing system. It adds functionality beyond conventional
PACS by integrating wet read functions, implemented through DICOM
Presentation State and Structured Reporting standards.
In its first release, OpenSourcePACS delivers a complete wet read
system, enabling an imaging clinic or hospital to offer its services
over the web to physicians within or outside the institution. In
future releases, we hope to incorporate more RIS (dictation,
transcription, and reporting) functionality.
OpenSourcePACS is a product of the UCLA Medical Imaging Informatics
group (http://www.mii.ucla.edu/).
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Piano
medical image processing library for surgical planning
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Lizenz: BSD
Debianpaket nicht verfügbar
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Piano is a library containing roughly 75 algorithms and tools for
multi-dimensional medical image processing, analysis and visualization.
It is used in the field of surgical planning.
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Pixelmed
PixelMed Java DICOM Toolkit
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Lizenz: Free
Debianpaket nicht verfügbar
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This is a stand-alone DICOM toolkit that implements code for reading and
creating DICOM data, DICOM network and file support, a database of DICOM objects,
support for display of directories, images, reports and spectra, and DICOM object
validation.
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Pixelmed-dicom-toolkit
This is a stand-alone DICOM toolkit that implements code for reading
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Lizenz: BSD
Debianpaket nicht verfügbar
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and creating DICOM data, DICOM network and file support, a database
of DICOM objects, support for display of directories, images, reports
and spectra, and DICOM object validation.
The toolkit is a completely new implementation, which does not depend
on any other DICOM tools, commercial or free. It does make use of
other freely available pure Java tools for compression and XML and
database support.
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Slicer
- wnpp
visualization, registration, segmentation, and quantification of medical data
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Lizenz: BSD like
Debianpaket nicht verfügbar
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The 3D Slicer is freely available, open-source software for visualization,
registration, segmentation, and quantification of medical data. The slicer
source seems to be available via CVS only.
The license statement can be seen at
http://www.slicer.org/cgi-bin/License/SlicerLicenseForm.pl
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Visit
- wnpp
visualization and graphical analysis tool for viewing scientific data
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Lizenz: 3-clause BSD license with additional disclaimers
Debianpaket nicht verfügbar
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VisIt is a free interactive parallel visualization and graphical
analysis tool for viewing scientific data. Users can quickly
generate visualizations from their data, animate them through time,
manipulate them, and save the resulting images for presentations.
VisIt contains a rich set of visualization features so that you can
view your data in a variety of ways. It can be used to visualize
scalar and vector fields defined on two- and three-dimensional (2D
and 3D) structured and unstructured meshes.
VisIt was designed to handle very large data set sizes in the terascale
range and yet can also handle small data sets in the kilobyte range.
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