Debian Med Physics packages

Octave is a (mostly Matlab (R) compatible) high-level language, primarily intended for numerical computations. It provides a convenient command-line interface for solving linear and nonlinear problems numerically.

Octave uses some of the best and most respected numerical libraries as balgen, dassl, eispack, fftpack, lapack, linpack, minpack, odepack, ranlib, slatec-fn and villad. Octave can be dynamically extended with user-supplied C++ files.

CERNLIB je kolekce nástrojů datové analýzy, knihoven vytvořených pro použití ve fyzikálních experimentech a konečně i aplikací určených k jiným úkolům jako je použití v biologii.

PAW je interaktivní program obsahující interaktivní prezentační a statistické a matematické nástroje. Je vytvořen tak, aby pracoval s objekty známými z fyziky jako jsou histogramy, soubory událostí (Ntuples), vektory, atd.

Program je na 64b architektuře linkován staticky proti knihovnám CERN. Je to především z důvodu stability programu, protože jeho kód se nechová v 64b prostředí zcela nejlépe.

CERNLIB je kolekce nástrojů datové analýzy, knihoven vytvořených pro použití ve fyzikálních experimentech a konečně i aplikací určených k jiným úkolům jako je použití v biologii.

Tento balíček obsahuje Paw++, interaktivní program používaný při analýze a grafické prezentaci. Paw++ dělá to samé jako PAW (obsažený v balíčku "paw"), ale má mnohem příjemnější grafické uživatelské rozhraní kompilované vůči Lesstif.

Program je na 64b architektuře staticky linkován proti knihovnám CERN, je to z důvodu správné funkčnosti programu, neboť jeho konstrukce není zcela kompatibilní s 64b systémem.

R is a system for statistical computation and graphics. It consists of a language plus a run-time environment with graphics, a debugger, access to certain system functions, and the ability to run programs stored in script files.

The design of R has been heavily influenced by two existing languages: Becker, Chambers & Wilks' S and Sussman's Scheme. Whereas the resulting language is very similar in appearance to S, the underlying implementation and semantics are derived from Scheme.

The core of R is an interpreted computer language which allows branching and looping as well0;115;0c as modular programming using functions. Most of the user-visible functions in R are written in R. It is possible for the user to interface to procedures written in the C, C++, or FORTRAN languages for efficiency, and many of R's core functions do so. The R distribution contains functionality for a large number of statistical procedures and underlying applied math computations. There is also a large set of functions which provide a flexible graphical environment for creating various kinds of data presentations.

Additionally, over thousand extension "packages" are available from CRAN, the Comprehensive R Archive Network, many also as Debian packages, named 'r-cran-'.

This package is a metapackage which eases the transition from the pre-1.5.0 package setup with its larger r-base package. Once installed, it can be safely removed and apt-get will automatically upgrade its components during future upgrades. Providing this packages gives a way to users to then only install r-base-core if they so desire.

R je `GNU S' - Jazyk a prostředí pro zpracování statistických výpočtů a grafů. R je podobné oblíbenému systému S, který byl vyvinut v Bellových laboratořích Johnem Chamberem a dalšími. Poskytuje širokou paletu statistických a grafických prostředků (lineární a nelineární modelování, statistické testy, analýzu časových sledů, klasifikaci, shlukování, ...).

R je navržen jako skutečný programovací jazyk s konstrukcemi umožňujícími cykly a podmínky. Uživatelům umožňuje definovat jejich vlastní funkce. Pro náročnější úkoly je možné volat a použít ve stejném okamžiku kód napsaný v C, C++ a Fortranu.

S je Matlab pro statistiky a R je to, co Octave pro Matlab.

Tento balíček obsahuje systém GNU R, z něhož byly z důvodu snížení velikosti balíčku vyjmuty některé volitelné části jako je r-base-html, r-base-latex, r-doc-html, r-doc-pdf a r-doc-info.

CERNLIB je kolekce nástrojů datové analýzy, knihoven vytvořených pro použití ve fyzikálních experimentech a konečně i aplikací určených k jiným úkolům jako je použití v biologii.

Tento balíček obsahuje ukázkové skripty PAW a Paw++, testovací skripty které vás ujistí o tom zda se programy PAW a Paw++ chovají korektně. Obsažené příklady a testy můžete spustit spolu s programem paw-demos.

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

BioSig is an open source software library for biomedical signal processing, featuring for example the analysis of biosignals such as the electroencephalogram (EEG), electrocorticogram (ECoG), electrocardiogram (ECG), electrooculogram (EOG), electromyogram (EMG), respiration, and so on. Major application areas are: Neuroinformatics, brain-computer interfaces, neurophysiology, psychology, cardiovascular systems and sleep research. The aim of the BioSig project is to foster research in biomedical signal processing by providing open source software tools for many different applications. Generally, many concerns have to be addressed in this scientific field. BioSig handles this by providing solutions for data acquisition, artifact processing, quality control, feature extraction, classification, modeling, data visualization, and so on.

BioSig consists of some (more or less) coherent parts, for more details take a look at the project page:

• BioSig for Octave and Matlab (biosig4octmat): A toolbox for Octave and Matlab with powerful data import and export filters, feature extraction algorithms, classification methods, and a powerful viewing and scoring software.
• BioSig for C/C++ (biosig4c++) containing: reading and writing routines for different biosignal data formats.
• libbiosig - a library for reading and writing of a number of data formats. libbiosig is used by save2gdf, mexSLOAD and SigViewer
• save2gdf - a converter between different data formats, and can be used to show the header information
• mexSLOAD is a MEX-interface for loading biosignal data into Octave (its much faster than the pure M-tools from biosig4octmat). It requires Octave-headers and libbiosig
• SigViewer (sigviewer): A stand-alone viewing and scoring software for biosignals (especially for EEG signals) based on C++ and the platform-independent GUI toolkit Qt 4.
• rtsBCI (rtsbci): A real-time BCI system implemented in Matlab and Simulink.
• BioProFeed (bioprofeed)
• BCIx (bcix)