Debian Med Physics packages

Octave is a (mostly Matlab (R) compatible) high-level language, primarily intended for numerical computations. It provides a convenient command-line interface for solving linear and nonlinear problems numerically.

Octave uses some of the best and most respected numerical libraries as balgen, dassl, eispack, fftpack, lapack, linpack, minpack, odepack, ranlib, slatec-fn and villad. Octave can be dynamically extended with user-supplied C++ files.

CERNLIB ist eine Sammlung von Datenanalysewerkzeugen und -bibliotheken für den Einsatz in physikalischen Experimenten, aber auch mit Anwendungen für andere Felder wie den Biowissenschaften.

PAW ist ein interaktives Programm, das interaktive grafische Präsentationen sowie statistische und mathematische Analysewerkzeuge bereitstellt. Es ist dafür gedacht, um mit Objekten zu arbeiten, die Physikern geläufig sind; etwa Histogramme, Ntuple, Vektoren, usw.

Das Programm ist gegen die CERN-Bibliotheken der 64-bit Architekturen statisch gelinkt, um dort die Funktion des Programms zu gewährleisten, da PAW nicht für 64-bit entwickelt wurde.

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Diese Paket enthält Paw++, ein interaktives Programm zur Analyse und grafischen Präsentation. Paw++ ist das gleiche Programm wie PAW (im Paket »paw«), aber mit einer benutzerfreundlicheren grafischen Oberfläche auf Basis von Motif (in Debian gegen Lesstif kompiliert).

Auf 64-Bit-Architekturen ist das Programm statisch gegen die CERN-Bibliotheken gelinkt, um eine ordnungsgemäße Funktion zu gewährleisten, obwohl es nicht sehr sauber für 64-Bit entworfen wurde.

R ist »GNU S« - eine Sprache und Umgebung für statistische Berechnungen und Grafiken. R ähnelt dem preisgekrönten S-System, das bei Bell Laboratories von John Chambers und anderen entwickelt wurde. Es stellt eine große Anzahl von statistischen und grafischen Techniken (lineare und nicht-lineare Modellierung, statistische Tests, Zeitreihenanalyse, Klassifizierung, Clustering, ...) zur Verfügung.

R wurde als eine echte Computersprache entworfen, mit Kontrollflusskonstrukten für Iteration und Alternation und es erlaubt den Benutzern, zusätzliche Funktionalität durch Definieren neuer Funktionen hinzuzufügen. Für rechenintensive Anwendungen kann C-, C++- und Fortran-Code eingebunden und zur Laufzeit aufgerufen werden.

S ist das Matlab für Statistiker und R ist für S, was Octave für Matlab ist.

Dieses Paket ist ein Metapaket, das den Übergang von den Paketen vor der Version 1.5.0 auf die aktuelle Paketierung erleichtert. Sobald es installiert wurde, kann es auch schon wieder gefahrlos entfernt werden. apt-get wird die durch r-base mitgezogenen Pakete bei späteren Aktualisierungen berücksichtigen. Durch dieses Paket ist den Nutzern die Möglichkeit gegeben, dann allein das r-base-core Paket zu installieren, (aber nicht etwa auch r-base-latex) wenn dies so gewünscht ist.

R ist ein System für statistische Berechnungen und Grafik. Es besteht aus einer Sprache mit grafischer Laufzeitumgebung und einem Debugger. Der Zugriff auf bestimmte Systemfunktionen und die Ausführung von Skriptdateien ist möglich.

Der Entwurf von R wurde stark von zwei existierenden Sprachen beeinflusst: S von Becker, Chambers & Wilks und Scheme von Sussman. Während die resultierende Sprache ein S ähnelndes Aussehen hat, stammt die Semantik und die interne Implementierung von Scheme ab.

Der Kern von R ist eine interpretierte Programmiersprache, die Verzweigungen und Schleifen sowie modulare Programmierung unter Verwendung von Funktionen ermöglicht. Die meisten den Anwender zugänglichen Funktionen von R sind in R geschrieben. Der Anwender kann zur Effizienzsteigerung in den Sprachen C, C++ oder Fortran geschriebene Funktionen einsetzen, was auch viele Grundfunktionen von R ausnutzen. Die R-Distribution enthält Funktionalitäten für eine große Zahl statistischer Verfahren und die zugrunde liegenden mathematischen Berechnungen. Es gibt auch eine Vielzahl von Funktionen, die zusammen eine flexible grafische Umgebung für die Erzeugung vielfältiger grafischer Darstellungen bilden.

Zusätzlich sind über tausend Erweiterungs-Pakete beim Comprehensive R Archive Network (CRAN) verfügbar. Viele von ihnen sind auch in Form von Debian-Paketen verfügbar, welche als »r-cran-« benannt sind.

Dieses Paket enthält das GNU R-Grundsystem, von dem die optionalen Dokumentationspakete wie r-base-html, r-base-latex, r-doc-html, r-doc-pdf und r-doc-info abgetrennt wurden, um die Größe des Paketes etwas zu reduzieren.

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Dieses Paket enthält Beispielskripte für PAW oder Paw++ und Testskripte zur Überprüfung der Programmfunktionalität. Die Beispiele und Tests können mit dem enthaltenem Programm paw-demos abgespielt werden.

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

BioSig is an open source software library for biomedical signal processing, featuring for example the analysis of biosignals such as the electroencephalogram (EEG), electrocorticogram (ECoG), electrocardiogram (ECG), electrooculogram (EOG), electromyogram (EMG), respiration, and so on. Major application areas are: Neuroinformatics, brain-computer interfaces, neurophysiology, psychology, cardiovascular systems and sleep research. The aim of the BioSig project is to foster research in biomedical signal processing by providing open source software tools for many different applications. Generally, many concerns have to be addressed in this scientific field. BioSig handles this by providing solutions for data acquisition, artifact processing, quality control, feature extraction, classification, modeling, data visualization, and so on.

BioSig consists of some (more or less) coherent parts, for more details take a look at the project page:

• BioSig for Octave and Matlab (biosig4octmat): A toolbox for Octave and Matlab with powerful data import and export filters, feature extraction algorithms, classification methods, and a powerful viewing and scoring software.
• BioSig for C/C++ (biosig4c++) containing: reading and writing routines for different biosignal data formats.
• libbiosig - a library for reading and writing of a number of data formats. libbiosig is used by save2gdf, mexSLOAD and SigViewer
• save2gdf - a converter between different data formats, and can be used to show the header information
• mexSLOAD is a MEX-interface for loading biosignal data into Octave (its much faster than the pure M-tools from biosig4octmat). It requires Octave-headers and libbiosig
• SigViewer (sigviewer): A stand-alone viewing and scoring software for biosignals (especially for EEG signals) based on C++ and the platform-independent GUI toolkit Qt 4.
• rtsBCI (rtsbci): A real-time BCI system implemented in Matlab and Simulink.
• BioProFeed (bioprofeed)
• BCIx (bcix)