Debian Med Physics packages

Octave is a (mostly Matlab (R) compatible) high-level language, primarily intended for numerical computations. It provides a convenient command-line interface for solving linear and nonlinear problems numerically.

Octave uses some of the best and most respected numerical libraries as balgen, dassl, eispack, fftpack, lapack, linpack, minpack, odepack, ranlib, slatec-fn and villad. Octave can be dynamically extended with user-supplied C++ files.

CERNLIB は物理分野の実験で使用するために作られたデータ解析ツールおよびライ ブラリ群ですが、他のたとえば生物科学分野などにも使われています。

PAW は対話的なグラフィク表示と統計的および数学的な解析ツールを提供する 対話的なプログラムです。 物理学者が慣れ親しんでいるヒストグラム、イベントファイル (Ntuples)、ベクト ルなどといったオブジェクトに対して作業するように設計されています。

このプログラムは、設計が完全な 64 ビットクリーンではないため、 64 ビットアーキテクチャで適切に動作させるために CERN ライブラリを スタティックリンクしています。

CERNLIB は物理実験で使うために作られたデータ解析ツールとライブラリの スイートですが、生物科学といった別分野向けのアプリケーションもあります。

本パッケージには分析やグラフィカルな表示に利用するための対話的な プログラムである paw++ が含まれます。paw++ は ("paw" パッケージに含まれる) paw と同じプログラムですが、よりユーザフレンドリーな Motif ベースの GUI を持ち、Debian では Lesstif を使ってコンパイルされています。

このプログラムは、設計が完全な 64 ビットクリーンではないため、 64 ビットアーキテクチャで適切に動作させるために CERN ライブラリを スタティックリンクしています。

R is a system for statistical computation and graphics. It consists of a language plus a run-time environment with graphics, a debugger, access to certain system functions, and the ability to run programs stored in script files.

The design of R has been heavily influenced by two existing languages: Becker, Chambers & Wilks' S and Sussman's Scheme. Whereas the resulting language is very similar in appearance to S, the underlying implementation and semantics are derived from Scheme.

The core of R is an interpreted computer language which allows branching and looping as well0;115;0c as modular programming using functions. Most of the user-visible functions in R are written in R. It is possible for the user to interface to procedures written in the C, C++, or FORTRAN languages for efficiency, and many of R's core functions do so. The R distribution contains functionality for a large number of statistical procedures and underlying applied math computations. There is also a large set of functions which provide a flexible graphical environment for creating various kinds of data presentations.

Additionally, over thousand extension "packages" are available from CRAN, the Comprehensive R Archive Network, many also as Debian packages, named 'r-cran-'.

This package is a metapackage which eases the transition from the pre-1.5.0 package setup with its larger r-base package. Once installed, it can be safely removed and apt-get will automatically upgrade its components during future upgrades. Providing this packages gives a way to users to then only install r-base-core if they so desire.

R は `GNU S' - 統計処理と画像処理のための言語と環境です。 R は、定評のある S システムに似ています。 S システムは Bell 研にて John Chambers らによって開発されました。 これは、さまざまな種類の統計処理・画像処理の機能をそなえています (線形と非線型のモデリング、統計的検定、時間軸解析、型分類、 クラスタリングなど)。

R は繰り返しと選択のための処理の流れを記述するための、真のコンピュータ言語 として設計されています。ユーザが新しい関数を定義することで、機能を追加する こともできます。計算量の多い演算がある場合には、C, C++, Fortran のコードとリンクして実行時に呼びだすことができます。

S は統計学者のための Matlab みたいなもので、R と S の関係は Octave と Matlab の関係によく似ています。

本パッケージはコア GNU R システムのみを提供し、任意のドキュメンテーショ ンパッケージである、r-base-html、r-base-latex、r-doc-html、r-doc-pdf そ して r-doc-info は本パッケージのサイズを小さくする目的で分割されました。

CERNLIB は物理実験で使うために作られたデータ解析ツールとライブラリの スイートですが、生物科学といった別分野向けのアプリケーションもあります。

本パッケージには、PAW または Paw++ で使うサンプルスクリプト、および PAW ま たは Paw++ プログラムが正しく動作していることを確認するためのテストスクリプ トが含まれます。このサンプルやテストスクリプトを同梱のプログラム paw-demos で実行しても構いません。

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

BioSig is an open source software library for biomedical signal processing, featuring for example the analysis of biosignals such as the electroencephalogram (EEG), electrocorticogram (ECoG), electrocardiogram (ECG), electrooculogram (EOG), electromyogram (EMG), respiration, and so on. Major application areas are: Neuroinformatics, brain-computer interfaces, neurophysiology, psychology, cardiovascular systems and sleep research. The aim of the BioSig project is to foster research in biomedical signal processing by providing open source software tools for many different applications. Generally, many concerns have to be addressed in this scientific field. BioSig handles this by providing solutions for data acquisition, artifact processing, quality control, feature extraction, classification, modeling, data visualization, and so on.

BioSig consists of some (more or less) coherent parts, for more details take a look at the project page:

• BioSig for Octave and Matlab (biosig4octmat): A toolbox for Octave and Matlab with powerful data import and export filters, feature extraction algorithms, classification methods, and a powerful viewing and scoring software.
• BioSig for C/C++ (biosig4c++) containing: reading and writing routines for different biosignal data formats.
• libbiosig - a library for reading and writing of a number of data formats. libbiosig is used by save2gdf, mexSLOAD and SigViewer
• save2gdf - a converter between different data formats, and can be used to show the header information
• mexSLOAD is a MEX-interface for loading biosignal data into Octave (its much faster than the pure M-tools from biosig4octmat). It requires Octave-headers and libbiosig
• SigViewer (sigviewer): A stand-alone viewing and scoring software for biosignals (especially for EEG signals) based on C++ and the platform-independent GUI toolkit Qt 4.
• rtsBCI (rtsbci): A real-time BCI system implemented in Matlab and Simulink.
• BioProFeed (bioprofeed)
• BCIx (bcix)